El colegio cuenta con diferentes instancias para el adecuado funcionamiento.
En primera instancia encontramos a la Asociación Escolar Helvetia, seguida por la Junta Escolar, rector y consejo directivo (del cual se desprende el área administrativa y la pedagógica)

Asociación Escolar Helvetia : Vela por el buen funcionamiento del colegio, a ella pueden pertenecer todas las personas naturales de nacionalidad suiza, registradas en la Embajada de Suiza y residentes en Colombia que hayan cumplido 20 años de edad.

Junta escolar: Conformada por ciudadanos suizos, tiene a su cargo la dirección y administración de la asociación. Fija las estrategias educativas y administrativas del colegio y supervisa su ejecución

Rector: Debe ser de nacionalidad suiza. Responsable administrativa y pedagógicamente del colegio.

Consejo directivo :Vela por el adecuado cumplimiento de los objetivos del colegio y por su concordancia con -el Proyecto Educativo Institucional. Conformado por representantes de cada una de las instancias que conforman la comunidad educativa: el rector, el director administrativo, los representantes del profesorado suizo y colombiano, un miembro de la Asociación de exalumnos, dos miembros de la Asociación de padres - de familia, un miembro de la Junta y los dos representantes de los estudiantes. Organigrama>>